Theo đó, từ năm 2014 đến thời điểm thanh tra, Tổng công ty đã bán tài sản trên đất, đồng thời chuyển quyền sử dụng đất sai với quy định tại Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/01/2007 của Thủ tướng Chính phủ đối với lô đất 697 m2 tại ấp Tân Phú 2, xã Tân Thuận Bình, huyện Chợ
Gạo, tỉnh Tiền Giang trị giá 179 triệu đồng; Ba cồn nuôi trồng thủy sản và tài sản đi kèm tại Công ty Nông sản thực phẩm Trà Vinh: 101,9 tỷ đồng; Căn Nhà số 02 Điện Biên Phủ, thành phố Trà Vinh: 12,6 tỷ đồng. Với 3 tài sản trên, tổng giá trị tài sản đã bán là 114,7 tỷ đồng.
Ngoài ra, tổng công ty tự tính số tiền chuyển nhượng sau khi trừ các chi phí, số còn lại tạm nộp vào tài khoản của Cục Quản lý công sản, Bộ Tài chính là sai với quy định tại Thông tư số 41/2015/TT-BTC ngày 27/3/2015 của Bộ Tài chính và Quyết định số 71/2014/QĐ-TTg ngày 17/12/2014 sửa đổi bổ sung khoản 5 Điều 1 Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Số tiền mà Công ty Lương thực Tiền Giang đã hạch toán vào kết quả sản xuất
kinh doanh năm 2015 với số tiền lãi 42.253.136 đồng là sai với quy định tại Quyết định số 71/2014/QĐ-TTg ngày 17/12/2014 V/v sửa đổi bổ sung một số điều của Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Đối với khuyết điểm, sai phạm nêu trên, trách nhiệm chủ yếu thuộc về Hội đồng thành viên Tổng Công ty, trực tiếp là Chủ tịch Hội đồng thành viên tại thời điểm ban hành chủ trương bán tài sản; trách nhiệm đề xuất chủ trương là Tổng giám đốc Tổng công ty; trách nhiệm tham mưu là Giám đốc các công ty nêu trên và Trưởng Phòng Kỹ thuật xây dựng cơ bản và cá nhân liên quan thuộc Tổng công ty.
Vinafood2 cũng đã có những sai phạm trong việc thỏa thuận, thống nhất với Công ty TNHH Thương mại – Quảng cáo – Xây dựng – Địa ốc Việt Hân.
Nghị quyết số 05/NQ-HĐTV ngày 22/10/2015 đã chuyển trách nhiệm chi phí đền bù giải phóng mặt bằng đối với 34 hộ dân từ Công ty TNHH Hai thành viên Thương mại-Dịch vụ-Xây dựng Việt Hân Sài Gòn (trong đó Công ty Việt Hân chịu 80% trên tỷ lệ vốn góp và Tổng Công ty chịu 20% theo tỷ lệ vốn góp) sang Tổng công ty chịu trách nhiệm 100%.
Theo thỏa thuận giữa Tổng Công ty và Công ty Việt Hân, số tiền chi cho đền bù, giải phóng mặt bằng (dự kiến của hai bên) là 68 tỷ đồng, lấy từ tài khoản Cục Quản lý công sản, Bộ Tài Chính. Như vậy, nếu thực hiện theo đúng thỏa thuận trên thì Ngân sách nhà nước bị thất thoát (80%) tương đương với trên 54 tỷ đồng.
Tổng Công ty giao cho Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn quản lý, sử dụng Nhà máy chế biến và bảo quản thủy sản, thực phẩm và vùng ao nuôi thủy sản cồn Đông Giang từ ngày 01/4/2015 đến ngày 30/8/2016 nhưng không ký hợp đồng thuê khoán và không thu tiền, nhưng sau đó (tháng 6/2016) hai bên mới thỏa thuận để Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn chi trả một phần chi phí cho Tổng công ty với số tiền 4.975.829.000 đồng.
Tổng Công ty thuê Nhà máy chế biến gạo của Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn (theo hợp đồng từ tháng 9/2014 đến 31/12/2015, với giá thuê 50.000.000 đồng/tháng) nhưng không có kế hoạch sử dụng là việc làm tùy tiện, không đúng quy định pháp luật về quản lý kinh tế và Quy chế quản lý vốn, tài sản của Tổng công ty; không công khai, thiếu minh bạch trong quản lý kinh tế.
Công ty Nông sản thực phẩm Tiền Giang và Công ty Lương thực Đồng Tháp phải thực hiện theo chỉ đạo của Tổng giám đốc, mặc dù đã nhiều lần báo cáo, đề xuất phương án sử dụng Nhà máy Chế biến và Bảo quản thủy sản và vùng ao nuôi thủy sản nhưng không được Tổng Giám đốc chấp nhận.
Đặc biệt, kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh năm 2014, 2015 và quý I/2016 và tái cơ cấu doanh nghiệp cũng có nhiều sai phạm…
Với những sai phạm được nêu, Bộ NN&PTNT yêu cầu
Vinafood 2 khẩn trương xây dựng phương án và triển khai củng cố, kiện toàn công tác tổ chức bộ máy và chấn chỉnh công tác cán bộ, nâng cao chất lượng quản trị doanh nghiệp của Tổng Công ty. Đồng thời, kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có những tồn tại, khuyết điểm và sai phạm nêu trên theo đúng quy định của pháp luật về những vấn đề đã nêu.
